Les tests du SARS-CoV-2 : un point d’actualité

Auteur : Christophe Teillaud, Conseiller scientifique de l’Union Dentaire & Diplômé de l’Institut Pasteur de Paris

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Sommaire

Historique de la pandémie
Structure du virus et multiplication

Réponse immunitaire

Les tests de diagnostic de l’infection par le SARS-CoV-2

Discussion
Public concerné par les tests moléculaires et sérologiques
Les professionnels de santé
Plusieurs situations peuvent se présenter pour les chirurgiens-dentistes
Conclusion

 

Historique de la pandémie

Le SARS-CoV-2* est un virus émergent apparu en Chine en décembre 2019. Ce nouveau coronavirus, probablement d’origine animal, est responsable d’une pneumonie aiguë sévère appelée Covid-19 (Coronavirus disease-2019). C’est un virus extrêmement contagieux : l’OMS a déclaré l’état de pandémie le 11 mars 2020. L’OMS estime à plus de 5 127 125 cas confirmés à travers le monde (185 pays), et plus de 333 398 morts à la date du 25 mai 2020. En France le nombre de cas confirmés est de 181 951 dont plus de 28 218 décès (hôpitaux et Ephad).

Ces particules virales de SARS-CoV-2 ont été isolées à partir d’un patient
(micrographie électronique à transmission). Source Inserm

Devant la gravité de cette pneumopathie hautement contagieuse, les autorités sanitaires de la grande majorité des pays touchés par l’épidémie ont opté pour un confinement des populations afin d’enrayer la diffusion du virus, seul moyen permettant d’éviter l’engorgement des systèmes de santé. La transmission du SARS-CoV-2 se fait essentiellement par la voie respiratoire après inhalation de virus en suspension dans les gouttelettes de salive ou dans les sécrétions nasales, projetées lors d’un éternuement ou d’une toux et également en parlant par l’émission de postillons (gouttelettes de Pflüge). Compte tenu de ce mode de transmission, la distance minimale à respecter entre deux personnes permettant d’éviter la transmission du virus est de 1 mètre.

En France, le confinement, décrété par le Président de la République le 18 mars, a été prolongé jusqu’au 11 mai, date à laquelle il a pris fin. La sortie du confinement a fait l’objet de mesures et de modalités d’application bien définies, celles-ci dépendent essentiellement de la situation sanitaire de la France et de l’évolution de l’épidémie après cette date.

Les tests de détection directe du virus et/ou les tests sérologiques (présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2) dont certains ont été validés récemment par la HAS° (Haute Autorité de Santé) ne sont pas envisageables, d’après les autorités sanitaires, à l’échelle de toute la population française. Les tests de détection directe sont réservés aux patients suspectés d’être infectés par le SARS-CoV-2 ou qui ont été malades Covid-19, parmi ceux-ci figurent les personnels soignants fréquemment en contact direct avec les malades.

La reprise progressive de notre activité professionnelle doit se faire dans des conditions de sécurité sanitaire optimales respectant les recommandations du Conseil National de l’Ordre des Chirurgiens-Dentistes (CNO) validées par la HAS°°. Le contact très rapproché avec  nos patients lors des soins que nous leur prodiguons, représente un risque de transmission du SARS-CoV-2, celui-ci étant présent dans les sécrétions naso-pharyngées et salivaires. Certains soins dentaires entraînent la diffusion du SARS-CoV-2 dans l’environnement du cabinet principalement par nébulisation et par la création de micro-gouttelettes. Les conséquences potentielles d’une infection par le SARS-CoV-2 liée à nos gestes opératoires sur l’état de santé général de nos patients et sur celui des chirurgiens-dentistes et de leur personnel peuvent être très graves.
La réalisation de tests de détection directe du virus et/ou de tests sérologiques pour les chirurgiens-dentistes ainsi que pour leur personnel et/ou (sous conditions) pour leurs patients est pertinente.

Une synthèse des dernières données scientifiques et cliniques sur les tests de détection directe du SARS-CoV-2 et sur les tests sérologiques (recherche des anticorps anti-SARS-CoV-2) disponibles actuellement est présentée.

 

*SARS-CoV-2 : Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 ou coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère.

°Avis n° 2020.0033/AC/SEAP du 20 mai 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection des anticorps sériques dirigés contre le coronavirus SARS-CoV-2.

°°HAS : « Réponse rapide :  Mesures et précautions essentielles lors des soins bucco-dentaires après le déconfinement » (19 mai 2020).

 

Structure du virus et multiplication

La connaissance de la structure du SARS-CoV-2 permet d’envisager différentes stratégies de traitements curatifs ou préventifs (vaccins), et permet la mise au point de tests de diagnostic direct ou indirect.

Il s’agit d’un virus à ARN simple brin appartenant à la famille des Coronaviridae, qui est constitué de l’extérieur vers l’intérieur :

D’une enveloppe constituée de phospholipides où sont ancrées des protéines, dont la protéine S (Spike c’est à dire en épine) responsable de l’attachement du virus avec la membrane cellulaire cible (cellule pulmonaire par exemple). La protéine S de grande taille est constituée de trois monomères dont l’un comporte la zone de contact avec le récepteur appelé ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine 2)* présent à la membrane de la cellule cible. Cette partie de la protéine S fait l’objet des recherches menées pour la mise au point d’un vaccin induisant la production d’anticorps neutralisants empêchant le contact entre le coronavirus et la cellule cible. En l’état actuel des connaissances, il semble que le SARS-CoV-2 soit faiblement immunogène, la réponse immunitaire humorale (production d’anticorps) étant de faible intensité. Les autres protéines E et M sont ancrées dans l’enveloppe.

*Il s’agit d’une protéine exprimée à la surface des cellules épithéliales pulmonaires. Cette enzyme est l’une des composantes centrales du système rénine/angiotensine qui contrôle la pression artérielle.

Les coronavirus sont au contact de cellules épithéliales, ces images ont été obtenues microscopie électronique à transmission in vitro. Source: Inserm

 

Le génome viral et sa réplication

Il est composé d’un ARN linéaire simple brin extrêmement long associé à une protéine N formant la nucléocapside. La fusion de l’enveloppe du virus avec la membrane de la cellule hôte survient après le contact entre la protéine S et son récepteur ACE2 (figure 1). Une autre protéine enzymatique appelée TMPRSS2° intervient également dans cette phase de contact entre le virus et la cellule hôte. Une fois à l’intérieur de la cellule hôte, la phase de réplication (multiplication) de l’ARN viral peut commencer.
L’ARN viral est traduit, il donne naissance à une enzyme, la polymérase qui va amplifier le génome viral et synthétiser les protéines du coronavirus utiles à son auto-assemblage par différents mécanismes moléculaires. La libération du virus à l’extérieur de la cellule hôte (par bourgeonnement) est suivie de la dissémination des particules virales hors de l’organisme. La contagiosité de l’individu à ce stade de la maladie est alors maximale (excrétion du SARS-CoV-2 par expectoration par exemple).

°TMPRSS2 (Transmembrane serine protease 2) : il s’agit d’une enzyme qui participe à la fusion de la membrane du virus avec la membrane de la cellule hôte.

 

Réponse immunitaire

Les études actuelles de la réponse immunitaire induite par le SARS-CoV-2 permettent la mise au point de tests sérologiques fiables à des fins de diagnostic et de suivi de la maladie. Elles permettront également de mieux appréhender la maladie induite par le virus et d’en traiter les conséquences parfois dramatiques (explosion cytokinique non expliquée à ce jour et très difficilement maitrisable). A terme, la mise au point d’un vaccin est l’un des objectifs des équipes de recherche. Les résultats de ces nombreuses études montrent toute la complexité de la réponse immunitaire face au SARS-CoV-2, notamment celle qui conduit à la production d’anticorps spécifiques dirigés contre ce nouveau coronavirus.

Comme dans toute infection virale ou bactérienne, le système immunitaire (en l’absence d’immuno-déficience comme par exemple dans le SIDA), va défendre l’organisme contre le SARS-CoV-2 par deux mécanismes :

 

Une réponse immunitaire humorale adaptative

Elle correspond à la production d’immunoglobulines ou anticorps par les lymphocytes B (cellules du sang circulant) différenciés en plasmocytes (dans les ganglions lymphatiques). La réponse immunitaire humorale fait l’objet de nombreuses études sérologiques dans le cadre de l’infection par le SARS-CoV-2 pour comprendre notamment la cinétique de production des anticorps anti-SARS-CoV-2 (délais d’apparition) et/ou de déterminer leur spécificité et leur capacité de protection (neutralisation du virus).

 

Il existe, chez l’homme, 9 classes et sous-classes d’immunoglobulines (ou isotypes) : IgM, IgD, IgG (4 sous-classes : IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgE et IgA (2 sous-classes : IgA1 et IgA2). Leurs fonctions sont différentes lors de la réponse immunitaire. Les IgM sont les premières immunoglobulines produites lors de la réponse primaire, leur spécificité est moindre que les IgG produites lors de la réponse secondaire (les IgG reconnaitront spécifiquement le SARS-CoV-2). Les IgE sont impliquées dans des mécanismes allergiques (anaphylaxie par exemple). Les IgA sont très abondantes dans les sécrétions séromuqueuses, par exemple la salive où leur rôle est de neutraliser les bactéries orales.

Fonctions des anticorps anti-SARS-CoV-2

Les anticorps produits lors de l’infection par le SARS-CoV-2, d’abord des IgM puis des IgG beaucoup plus spécifiques du coronavirus, vont normalement le repérer puis le neutraliser. La destruction du coronavirus est effectué par les monocytes et les macrophages par phagocytose. Après l’infection, des lymphocytes B à mémoire se formeront, ils seront réactivés en cas de nouveau contact avec le SARS-CoV-2.

Dans le cas du SARS-CoV-2, le délai d’apparition des IgM est d’environ une semaine, les IgG, plus spécifiques du coronavirus, sont produites ensuite. Les IgM et les IgG sont détectables en moyenne deux semaines après l’apparition des symptômes, ce délai peut être toutefois rallongé chez certains patients asymptomatiques. L’incertitude demeure actuellement sur la durée de protection de ces anticorps, des recherches doivent être menées à long terme sur cette question.

Compte tenu de ces délais, lOMS ne recommande pas la réalisation des tests sérologiques à des fins de diagnostic précoce (HAS, OMS le 08 avril 2020).

Une réponse immunitaire cellulaire

Les études actuellement menées sur l’immunité cellulaire dans l’infection par le SARS-CoV-2 sont peu nombreuses, les données scientifiques sont trop peu pertinentes pour définir le rôle de cette immunité dans la destruction du virus et/ou des cellules infectées par le SARS-CoV-2.

Normalement, la réponse immunitaire cellulaire implique, entre autres cellules sanguines, les lymphocytes CD8 cytotoxiques. Les lymphocytes CD8 détruisent indirectement les cellules infectées par un virus par différents mécanismes immunitaires plus ou moins spécifiques (ADCC ou cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps). Il est probable qu’il en soit de même avec les cellules infectées par le SARS-CoV-2, seules des recherches menées sur le long terme pourront le montrer.

 

Les tests de diagnostic de linfection par le SARS-CoV-2

Il existe deux types de tests de diagnostic

Les personnes susceptibles d’être infectées par le SARS-CoV-2 ou les malades avérés Covid-19 font l’objet de tests de diagnostic qui permettent de confirmer ou d’infirmer la présence du coronavirus. Des tests sérologiques sont réalisés afin de déterminer le statut immunitaire des malades après leur guérison et d’assurer leur suivi.

La détection directe du virus se fait à partir de prélèvements naso-pharyngés ou des voies respiratoires basses (cavité buccale). La réponse immunitaire humorale est évaluée par la détection d’anticorps anti-SARS-CoV-2 dans des prélèvements sériques après une infection suspectée ou avérée par le coronavirus*.

*HAS : fiche pédagogique « COVID-19 : Prérequis sur les tests », 18 mai 2020

 

Les tests de détection directe du virus

Ces tests moléculaires consistent à rechercher les virus dans des prélèvements biologiques respiratoires (naso-pharyngés) ou au niveau des voies respiratoires basses (crachats et salive) chez des patients présentant des symptômes de détresse respiratoire aiguë. Le prélèvement est réalisé par du personnel qualifié, doté d’équipements particuliers, à l’aide d’écouvillons atteignant des zones anatomiques difficiles d’accès.

A ce jour, les seuls tests recommandés pour poser le diagnostic biologique du COVID-19 lors de la phase aiguë sont les tests moléculaires par RT-qPCR (Reverse Transcriptase-quantitative Polymerase Chain Reaction)*. Ils reposent sur la détection du génome viral, à partir d’un prélèvement biologique.

Dès le début de l’épidémie en France, le Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires (dont la grippe) de l’Institut Pasteur a mis au point ces tests. Le CNR a une triple mission :

  • La mise au point des tests et leur diffusion.
  • Définir la sensibilité et la spécificité des tests.
  • S’assurer de la performance des tests commerciaux.

Par la suite, les laboratoires des grands centres hospitaliers accrédités (disposant du plateau technique de biologie moléculaire) ont pu traiter les échantillons biologiques à des fins de diagnostic. Certains laboratoires de ville accrédités peuvent désormais traiter ces échantillons ainsi que des laboratoires de recherche publique (CNRS et Inserm).

*Il s’agit d’une technique de biologie moléculaire qui permet de détecter et d’amplifier l’ARN viral. La transcription inverse de l’ARN en ADN (par l’enzyme Transcriptase Inverse) est suivie d’une qPCR (c’est à dire d’une réaction en chaîne par polymérase, dite quantitative ou en temps réel).

Description du test

Le test appelé RT-qPCR, dont la spécificité est excellente, permet la détection rapide du SARS-CoV-2 par amplification de son génome. Ce test impose des conditions techniques rigoureuses de manipulation des échantillons prélevés afin d’éviter toute contamination qui fausserait les résultats. Il se déroule en deux phases :

La détection directe du SARS-CoV-2 est réalisée à l’aide de kits de RT-PCR (transcription inverse par réaction de polymérisation en chaîne). Il s’agit d’une technique de biologie moléculaire qui permet d’amplifier le génome viral (l’ARN) et de confirmer ou d’infirmer la présence du SARS-CoV-2 dans des prélèvements biologiques par exemple naso-pharyngés d’un malade suspecté d’être infecté par ce virus.

1-Transcription inverse

La première étape consiste à extraire l’ARN viral à partir des prélèvements, puis à transformer cet ARN viral en ADN complémentaire (ADNc) simple brin à l’aide de l’enzyme transcriptase inverse (ou Reverse Transcriptase).

 

2-Amplification du matériel génétique

Un second brin d’ADNc est synthétisé puis amplifié à l’aide d’une enzyme (la Taq polymérase) afin d’obtenir une quantité suffisante de matériel génétique pour révéler la présence ou non de virus. Des quantités très faibles du génome viral peuvent être mises en évidence dans des prélèvements humains naso-pharyngés ou salivaires. Une fois l’amplification réalisée, la détection du génome amplifié est réalisée à l’aide d’un marqueur fluorescent.

Pour confirmer la présence du SARS-CoV-2 dans un prélèvement biologique, un deuxième test est pratiqué dans les mêmes conditions. En effet, des résultats faussement négatifs (la sensibilité du test est d’environ 70% seulement) seraient dus à la difficulté technique des prélèvements naso-pharyngés par écouvillonnage qui sont opérateurs-dépendant. La quantité de virus dans les sécrétions du naso-pharynx varie dans le temps et selon le stade de la maladie, ce qui peut induire une interprétation erronée de résultats négatifs.

Résultats

Le délai pour obtenir le résultat est de trois à cinq heures. Le résultat de cet examen biologique est adressé au patient via son médecin prescripteur. La cellule d’intervention de Santé Publique France en région, l’Agence Régionale de Santé et le centre de crise de la Direction Générale de la Santé centralisent les résultats de l’ensemble du territoire national pour établir des statistiques et en tirer des conclusions épidémiologiques.

 

 Prise en charge par l’assurance maladie

Les tests de détection du génome viral du SARS-CoV-2 par RT-qPCR sont des actes de biologie médicale remboursables par l’assurance maladie*. Les kits de diagnostic doivent, conformément aux recommandations de la HAS, être marqués CE et avoir été évalués au plan de leur performance par le CNR des virus des infections respiratoires. Une liste des kits validés, pris en charge par l’assurance maladie est mise à jour régulièrement par le ministère des Solidarités et de la Santé.

*Arrêté du 7 mars 2020 portant modification de la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (inscription de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT-PCR).

Dautres tests plus simples d’utilisation, mais dont la sensibilité reste à confirmer sont disponibles :

– détection directe de l’antigène viral à l’aide de bandelettes, par immuno-chromatographie.

– des auto-tests qui détectent directement le génome du coronavirus.

 

Tests salivaires de détection directe du SARS-CoV-2

L’avantage d’un test salivaire est qu’il est non invasif et qu’il permettrait un dépistage rapide du SARS-CoV-2 sans équipement lourd. La salive est un vecteur reconnu du coronavirus. A ce stade de la pandémie, les tests salivaires sont en cours d’élaboration puis feront l’objet d’une validation par les autorités sanitaires.

Le laboratoire Sys2Diag du CNRS associé à une société de biotechnologie SkillCell© conjointement avec le CHU de Montpellier conduit une étude clinique pour la mise au point de tests salivaires (EasyCov©) de détection de l’ARN viral du SARS-CoV-2. Cette étude est menée auprès de patients testés positifs au Covid-19 et auprès des personnels soignants du CHU de Montpellier. La startup montpelliéraine Vogo est impliquée dans le développement de l’automatisation du test et dans le développement d’une application mobile.

En parallèle, lors de la mise au point de ce test, des tests de RT-PCR détectant l’ARN viral seront réalisés comme contrôle afin de valider le test. La spécificité et la sensibilité de ce test seront également affinées afin de répondre au mieux au cahier des charges de la HAS.

Le prélèvement salivaire est placé dans un tube contenant des réactifs pendant 30 minutes à 65°C. La lecture du résultat (test colorimétrique) se fait à l’oeil nu par le personnel soignant.

Une fois la mise au point réalisée, ce test sera produit en grande quantité à l’aide d’une chaîne de production, puis une une version grand public sera envisagée (auto-test).

Les tests sérologiques : recherche des anticorps anti-SARS-CoV-2

 

Les tests sérologiques nécessitent un prélèvement sanguin dans lequel sont recherchés des anticorps anti-SARS-CoV-2 (IgM et IgG) produits par les plasmocytes d’un patient. Ces tests doivent être réalisés au minimum une semaine après l’apparition des symptômes de la maladie, car la réponse immunitaire de production d’anticorps spécifiques (les IgG) du SARS-CoV-2 est variable selon les individus, elle peut aller jusqu’à plusieurs semaines. Les résultats permettent de dire si un patient (symptomatique ou non) a déclenché ou non une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2.

 

« Ces tests ne sont pas recommandés ni par lOMS ni par la HAS dans le cadre du diagnostic précoce de linfection, lors de la première semaine suivant lapparition des premiers symptômes (avis de lOMS du 08 avril 2020). »

 

La HAS a précisé dans un cahier des charges* les strictes conditions d’homologation des tests sérologiques proposés par différentes équipes de recherche (Institut Pasteur, Inserm, start-up…). Après homologation, et déclaration auprès de l’Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé (ANSM), ils sont utilisables en routine, permettant ainsi un criblage des populations à grande échelle à des fins épidémiologiques.

 

Critères d’évaluation des tests sérologiques par la HAS :

  • Présence d’un marquage CE
  • Vérification de la sensibilité** clinique du test de détection des anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sang des patients Covid-19 : celle-ci doit être de 90% à 95%.
  • Vérification de la spécificité° clinique du test : test négatif chez les non-malades, et absence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sang de donneurs non infectés : celle-ci doit être de 98 %.

La performance de ces tests est importante en terme de fiabilité, ces tests doivent rechercher des anticorps très spécifiques.

 

*HAS : Synthèse « Cahier des charges définissant les modalités d’évaluation des performances des tests sérologiques détectant les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 », 16 avril 2020

**La sensibilité d’un test est la proportion de patients Covid-19 que le test détecte correctement (vrais positifs).

°La spécificité d’un test est la proportion de patients non Covid-19 et dont le test est négatif.

 

Les objectifs des tests sérologiques sont multiples

  • Affirmer l’immunisation des patients infectés par le SARS-CoV-2 ce qui permet de sécuriser le retour des patients guéris au travail et les contacts intra-familiaux.
  • Tester l’efficacité des candidats vaccins en contrôlant la réponse immunitaire humorale par la production d’anticorps anti-coronavirus.
  • Recueillir des données épidémiologiques comme le taux de mortalité, le nombre de patients infectés.

Il existe deux catégories de tests sérologiques

Les tests ELISA* automatisables sont réalisables uniquement en laboratoire de biologie médicale équipés, ils mesurent de façon quantitative et semi-quantitative la production d’anticorps anti-SARS-CoV-2. Ils sont réalisés à partir de prélèvements sanguins (ponction veineuse). Les résultats de ces examens de biologie médicale sont certifiés par le laboratoire et sont donc traçables.

Les tests unitaires (immunochromatographie, uniquement qualitatifs) (avec marquage CE) sont réalisés par ponction capillaire (au bout du doigt) par différents intervenants.

  • Les tests de diagnostic rapide (TDR) utilisés en laboratoire de biologie médicale.
  • Les tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) réalisés par un médecin/un pharmacien non biologiste ou un infirmier dont les résultats sont placés sous la seule                               responsabilité de celui qui les réalise.
  • Les auto-tests sont directement réalisés par les patients (pas de compte-rendu), ils sont sous la seule responsabilité des patients.

 

Seuls les professionnels expérimentés peuvent interpréter les résultats des tests unitaires qui sont parfois en limite de détection, génératrice d’un grand nombre de faux positifs ou de faux négatifs. De plus, l’interprétation des profils IgG/IgM est difficile pour l’utilisateur profane.

*ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, ou test immuno-enzymatique) : il s’agit d’un test d’amplification colorimétrique très sensible réalisé exclusivement en laboratoire habilité. Ces tests sont des Dispositifs Médicaux de Diagnostic In Vitro (Réglementation européenne, marquage CE en cas de commercialisation).

Description et prise en charge des tests sérologiques

La HAS* conditionne la réalisation des tests sérologiques (ELISA ou TDR) à une prescription médicale indiquant éventuellement le résultat d’une RT-qPCR et la date d’apparition des symptômes dans les conditions suivantes :

7 jours après l’apparition des symptômes pour les patients graves hospitalisés.

14 jours après l’apparition des symptômes pour les patients symptomatiques sans signe de gravité.

Les tests recherchent dans les sérums la présence d’anticorps (IgM et IgG) dirigés contre la protéine S (entière ou une partie de celle-ci : le Receptor Binding Domain) responsable de la liaison du coronavirus avec la cellule cible ou d’anticorps dirigés contre la protéine de la nucléo-capside (NCP) qui est une protéine interne au virus.

La recherche des deux classes d’immunoglobuline (IgM et IgG) couvre ainsi la période d’apparition des anticorps spécifiques des antigènes viraux. La détection d’IgA est possible également. A ce stade du développement des tests, la recherche des différents isotypes d’IgG n’a pas d’intérêt.

Un résultat positif du test sérologique identifie les personnes ayant été en contact avec le SARS-CoV-2 (séroconversion), mais n’indique pas si le patient testé est contagieux ou pas. La présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 n’accompagne pas la baisse de la charge virale, c’est pourquoi la validation des tests sérologiques par la HAS est très stricte.

Il est à noter qu’un résultat positif du test sérologique peut être du à la présence dans le sérum du malade d’anticorps anti-SRAS-CoV produits lors d’une infection précédente par le coronavirus appelé SRAS-CoV. En effet, les anticorps anti-SRAS-CoV (qui persistent dans le sérum pendant environ 20 ans) et les anticorps anti-SARS-CoV-2 nouvellement produits en cas d’infection par le SARS-CoV-2, détectent des antigènes similaires exprimés par les deux types de coronavirus, on parle de réaction croisée. Cette situation entraîne une interprétation erronée du test sérologique due à un résultat faussement positif.

Devant les innombrables demandes d’homologation et de validation des tests sérologiques à travers le monde, certains pays ont assoupli leurs règles administratives, c’est le cas aux Etats-Unis d’Amérique avec la U.S. FDA (United States Food and Drug Administration) qui se réserve le droit a posteriori de retirer du marché un test non performant.

 

En France, la HAS a progressivement émis plusieurs avis sur les tests sérologiques :

  • Sur les modalités d’utilisation des tests sérologiques*
  • Sur les tests sérologiques rapides (TDR, TROD, auto-tests)**
  • Sur le remboursement des tests sérologiques***

A la suite de ces avis, une vingtaine de tests sérologiques a fait l’objet d’une homologation par le CNR des virus des infections respiratoires (dont la grippe) de l’Institut Pasteur. Une liste**** publiée le 22 mai 2020 compile les tests RT-PCR et les tests sérologiques.

 

*HAS : Rapport d’évaluation : « Place des tests sérologiques dans la stratégie de prise en charge de la maladie COVID-19 », 02 mai 2020

**HAS : Rapport d’évaluation : « Place des tests sérologiques rapides (TDR, TROD, auto-tests) dans la stratégie de prise en charge de la maladie COVID-19 », 14 mai 2020

***- HAS : « Avis n° 2020.0033/AC/SEAP du 20 mai 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection des anticorps sériques dirigés contre le coronavirus SARS-CoV-2 (service attendu suffisant et amélioration du service attendu de niveau II) »

– HAS : Communiqué de presse : « La HAS est favorable au remboursement des tests sérologiques à la fiabilité validée et dans les indications définies ». 20 mai 2020

**** Liste des tests homologués : https://covid-19.sante.gouv.fr/tests.

 

Discussion

Les mesures de confinement, de distanciation sociale ainsi que les gestes dits « barrières »  sont les seules mesures préventives qui ont prouvées leur efficacité face à la propagation du virus, elles ont permis d’éviter une embolie des services hospitaliers.

La réalisation de tests de détection directe du virus par RT-PCR et/ou de tests sérologiques à l’échelle de la population française se pose actuellement. En cas de positivité d’un individu, les autorités sanitaires et gouvernementales françaises envisagent d’utiliser des applications mobiles (telle que StopCovid) pour tracer les malades et leurs contacts qui sont susceptibles d’être à leur tour contaminés. L’Académie Nationale de Médecine (ANC) préconise d’utiliser ces moyens, sur la base du volontariat, dans le cadre du suivi de sortie du confinement dans le strict respect de l’anonymat (réglementation européenne et nationale du Règlement général sur la Protection des données)*.

Les tests de détection directe du SARS-CoV-2 permettent de vérifier de façon fiable sa présence chez les patients suspectés d’être infectés ou malades. Néanmoins les résultats de ces tests moléculaires comportent environ 20% de faux négatifs, expliqués en partie par la difficulté technique de prélèvement naso-pharyngé.

Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer si la personne est contagieuse ou pas car la séroconversion ne s’accompagne pas d’une baisse de la charge virale. Les tests sérologiques montrent que des anticorps ont été produits en réponse à l’infection par le SARS-CoV-2, traduisant  une réponse immunitaire contre le coronavirus. La question de l’association des tests moléculaires et des tests sérologiques est également posée.
Les tests sérologiques réalisés à grande échelle ne sont pas envisagés par les autorités sanitaires en France, car l’immunité collective contre le SARS-CoV-2 n’est pas atteinte à ce jour, 90% de la population française environ n’étant pas immunisée du fait du confinement. Les recherches sur l’immunité humorale liée au SARS-CoV-2 se focalisent sur la capacité de neutralisation des anticorps anti-SARS-CoV-2 qui semble extrêmement variable d’un patient à l’autre, et également sur les titres d’anticorps produits c’est à dire sur la quantité d’anticorps anti-SARS-CoV-2 présents dans le sérum des patients infectés.

Une étude** sérologique associée à des tests de détection directe du virus a été menée sur des patients de Crépy-en-Valois (l’un des premiers « clusters » identifiés en France) par une équipe de l’Institut Pasteur de Paris. Il apparaît que les tests sérologiques utilisés dans cette étude (mis au point par l’Institut Pasteur) sont d’une grande sensibilité et sont très spécifiques, néanmoins il n’est pas permis de conclure que les anticorps détectés sont protecteurs.

Cliniquement, dans plus de 80 % des cas, la perte de l’odorat et du goût sont des symptômes majeurs du Covid-19. Les personnes hospitalisées sont en moyenne plus âgées que celles qui ne le sont pas. Le risque de contamination augmente au sein d’une fratrie bien que le confinement entraîne une baisse globale de la circulation du virus. L’ensemble de ces résultats permet de mieux appréhender les mesures de santé publique et de suivi de l’épidémie à l’échelle de la population française.

Les tests salivaires non invasifs de détection du SARS-CoV-2 en cours de développement et d’homologation, permettraient de tester plus facilement une grande partie de la population à commencer par les professionnels de santé les plus exposées au coronavirus dont les chirurgiens-dentistes.


*ANC : « L’utilisation de Smartphones pour le suivi du déconfinement du Covid-19 en France ». 22 avril 2020

**Arnaud Fontanet et coll., « Cluster of COVID-19 in northern France: A retrospective closed cohort study »

 

Public concerné par les tests moléculaires et sérologiques

Les professionnels de santé

Une étude récente* montre que les professionnels de santé infectés participent à la diffusion nosocomiale du SARS-CoV-2 mais aussi à la persistance de la transmission communautaire. L’Académie Nationale de Médecine, dans un communiqué récent**, recommande fortement le dépistage systématique de tous les professionnels de santé des hôpitaux, symptomatiques ou non. Le dépistage permettrait de connaître le statut sérologique des professionnels de santé, il sera à réitérer pour les professionnels de santé travaillant dans des zones dites à haut risque. Cette stratégie permettrait de préserver les hôpitaux qui sont actuellement exempt de Covid-19 ceci en cas de seconde vague après la phase plus ou moins longue de sortie du confinement.

Lire l’article en cliquant ici : Black JRM et coll., Lancet, 16 04 2020

**(ANC : « Un point aveugle de l’épidémie Covid-19 : la transmission nosocomiale au personnel soignant », 14 avril 2020 à télécharger ici).

 

Pertinence de la réalisation des tests moléculaires et sérologiques pour les chirurgiens-dentistes et pour leurs patients

 La reprise de notre activité professionnelle est soumise aux modalités de sortie de la période de confinement qui se fait très progressivement. Ces modalités sont définies par les autorités sanitaires compétentes*.

Les chirurgiens-dentistes sont en contact très rapproché avec la cavité buccale des patients au cours des soins dentaires notamment lors de l’utilisation de l’instrumentation rotative ou des instruments ultra-sonores. Le cabinet dentaire doit faire l’objet de toutes les attentions pour que la décontamination et la stérilisation du matériel ainsi que la décontamination de la zone de soins soient effectuées dans des conditions optimales garantissant la sécurité sanitaire du cabinet.

La question d’une obligation ou non, pour les chirurgiens-dentistes, de faire un test de détection directe de recherche du virus (par RT-PCR, ou éventuellement par test salivaire) ou de faire un test sérologique (recherche d’anticorps) se pose avec acuité pour informer et protéger nos patients. La même question se pose également pour nos patients asymptomatiques donc infectés par le SARS-CoV-2, potentiellement contagieux et pour les malades qui ont développé la maladie Covid-19 et qui pourraient être encore contagieux.

La recommandation de l’Académie Nationale de Médecine (14 avril 2020), incite fortement au dépistage systématique de l’ensemble des professionnels de santé hospitaliers, en raison des infections nosocomiales observées de plus en plus fréquemment.

Il pourrait en être de même du dépistage systématique des chirurgiens-dentistes et de leur personnel (assistant) afin de sécuriser au mieux les soins dentaires. La connaissance du statut immunitaire des patients ainsi que l’évaluation de leur charge virale aiderait aussi à réaliser nos soins en toute sécurité.

*HAS : « Réponse rapide :  Mesures et précautions essentielles lors des soins bucco-dentaires après le déconfinement », 19 mai 2020

Plusieurs situations peuvent se présenter pour les chirurgiens-dentistes

 Le chirurgien-dentiste atteint du Covid-19, ne peut plus et ne doit pas exercer son activité professionnelle. Il doit rester confiné jusqu’à sa guérison complète, attestée par son médecin traitant ou par l’équipe soignante hospitalière. Après la guérison, il faut prendre en considération le fait que la contagiosité peut persister plusieurs jours voire plusieurs semaines. Dans ce cas là, les tests de détection du virus et les tests sérologiques prennent tout leur sens. Ils indiqueront d’une part la présence et/ou la persistance du virus et d’autre part la séro-conversion ou non du chirurgien-dentiste. Ces différents résultats apportent une indication sur le risque de contagiosité du chirurgien-dentiste envers ses proches et ses futurs patients. La question se pose alors de l’information à délivrer aux patients, éventuellement à l’aide d’un certificat qui n’est pas, en l’état actuel du droit, obligatoire pour exercer notre activité professionnelle.

  1. La réalisation de tests moléculaires de détection directe du virus permettraient d’identifier les chirurgiens-dentistes infectés par le SARS-CoV-2 cliniquement asymptomatiques ou pauci-symptomatiques. Les tests sérologique réalisés ensuite confirmeraient ou non la présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 en quantité suffisante. Ainsi pourrait être écarter le risque de transmission du SARS-CoV-2 aux patients par cette population de chirurgiens-dentistes.
  2. La détection des chirurgiens-dentistes qui n’ont jamais été en contact avec le SARS-CoV-2 sera également démontrée par des tests sérologiques indiquant l’absence d’anticorps-anti-SARS-CoV-2. Ces chirurgiens-dentistes sont susceptibles d’être infectés par le SARS-CoV-2 (éventuellement par un patient) puis d’être à leur tour contagieux pour leurs proches et éventuellement pour d’autres patients non infectés. Il est à noter que la HAS estime prématurée l’utilisation des autotests car leurs performances sont inégales et l’interprétation des résultats est difficile (HAS, 18 mai 2020).
  3. La pertinence de la réalisation de tests sérologiques de dépistage se pose également pour nos patients asymptomatiques ou pauci-symptomatiques qui s’ignorent. En effet, certains d’entre eux sont potentiellement contagieux pour leur entourage proche donc pour les chirurgiens-dentistes amenés à les soigner.
  4. Des tests sérologiques devraient être réalisés pour nos patients non malades du Covid-19 mais susceptibles d’être contaminés (malheureusement pendant les soins dentaires) car présentant un ou des facteurs de co-morbidité comme l’âge ou un diabète non équilibré. La connaissance de leur statut immunitaire, avant de prodiguer des soins dentaires notamment ceux qui engendrent une nébulisation et une aérosolisation, sécuriserait le parcours de soins de nos patients.

 

Dans son communiqué du 10 avril 2020, l’Académie Nationale de Médecine* émettait déjà plusieurs recommandations face à l’impossibilité de tester la totalité de la population française :

  • « que des enquêtes séro-épidémiologiques de grande ampleur soient conduites afin d’évaluer la proportion de la population infectée lors de la première période de l’épidémie ».
  •   « que les tests sérologiques individuels soient utilisés en priorité chez les personnes à risque élevé de forme grave (pensionnaires des EHPAD, malades atteints d’affections chroniques…) et chez les personnes exerçant les professions exposées (personnel médical, infirmiers, aide-soignants…) afin d’adapter au cas par cas les mesures de prévention chez les personnes non immunes ».

*ANC : « Tests Covid-19 : applications collectives et individuelles ». 10 avril 2020

 

Conclusion

La prise en charge de nos patients, depuis la levée du confinement, doit se faire dans des conditions sanitaires optimales pour éviter tout risque de contamination croisée à la suite des soins dentaires provoquant une aérosolisation et une nébulisation. Ces conditions font l’objet d’un guide de recommandations élaboré par le CNO, dument validé par la HAS le 18 mai 2020.

La pertinence de la réalisation des tests de détection directe du SARS-CoV-2 et/ou de tests sérologiques se pose actuellement avec beaucoup d’acuité à la fois pour les chirurgiens-dentistes et pour leurs patients selon la situation clinique de ces derniers.

A ce stade de l’épidémie, qui semble être dans sa phase de décroissance, les autorités gouvernementales et sanitaires françaises prévoient de réaliser environ 700 000 tests de détection directe du SARS-CoV-2 par semaine sur une population bien ciblée, dont les personnels soignants. Ces tests permettront d’assurer un suivi (par traçage téléphonique) des malades Covid-19 nouvellement infectés, de les prendre en charge, de les isoler afin d’éviter la diffusion du virus et ainsi d’éviter un rebond de l’épidémie redoutée par les personnels soignants notamment des hôpitaux.

Les personnels de santé au contact direct ou indirect du SARS-CoV-2 sont inclus dans ces tests. Les chirurgiens-dentistes étant particulièrement exposés du fait de leurs gestes opératoires, il serait concevable qu’un échantillon de chirurgiens-dentistes puisse être inclus dans la réalisation de ces tests. Les résultats de ces tests évaluerait la prévalence du SARS-CoV-2 dans notre profession. La sécurité sanitaire de notre activité s’en trouverait ainsi renforcée.

 

Sites internet à consulter

Site de l’Académie Nationale de Médecine : www.academie-medecine.fr
Site de l’ANSM : www.ansm.sante.fr
Site de la Haute Autorité de Santé : www.has-sante.fr
Site du Haut Conseil de la Santé Publique : www.hcsp.fr
Site de l’Institut Pasteur : www.pasteur.fr
Site du Johns Hopkins Hospital : www.hopkinsmedicine.org
Site de l’Organisation Mondiale de la Santé : www.who.int
Site Santé Publique France : www.santepubliquefrance.fr

 

Propriété intellectuelle et droits d’auteur

Comme il est d’usage, l’ensemble du document présenté reste la propriété du Docteur Christophe TEILLAUD (Code de la propriété intellectuelle, art : L.122-5, L.122-4, L.335.2). Sous réserve du nom des auteurs et de la source, les copies ou reproduction de cet article sont strictement réservées à un usage privé et non à une utilisation collective. Sa  reproduction intégrale ou partielle requiert le consentement des auteurs.

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